Universitas Musamus (UNMUS) awal
berdirinya dengan nama Sekolah Tinggi Teknologi Merauke (STTM)
diselenggarakan berdasarkan pendidirian Yayasan Pendidikan Anim Ha
Merauke dengan Akta Notaris Nomor 12 tahun 2001 tanggal 26 Januari 2001.
STTM didirikan dengan Keputusan Mendiknas RI Nomor 187/D/O/2001 tanggal
26 September 2001. Program studi yang diselenggarakan saat itu adalah
Teknik Sipil Program D-3, Teknik Mesin Program D-3, Teknik Elektro
Program D-3, dan Teknik Informatika Program D-3;
Pada tanggal 26 Pebruari 2005 Wisuda
Perdana STT Merauke meluluskan 99 mahasiswa Program Diploma tiga (D-3).
Dalam acara tersebut, Bupati Merauke Drs. Johanes Gluba Gebze
menyampaikan keinginan Pemerintah Daerah dan masyarakat Merauke akan
hadirnya sebuah universitas negeri dan mentabiskan namanya dengan
sebutan Universitas Izakod Bekai Izakod Kai;
Pada bulan Oktober 2005 pembentukan tim
kecil untuk penyusunan proposal perubahan status dari Sekolah Tinggi
menjadi Universitas diantar ke DIKTI di Jakarta, dan pada tanggal 16
Agustus 2006 Mendiknas RI melalui DIKTI di Jakarta mengeluarkan Izin
Operasional beberapa program studi baru jenjang S-1 dan perubahan status
kelembagaan STT Merauke menjadi Universitas Musamus Merauke (UNIMMER)
berdasarkan SK Nomor 160/D/O/2006 dengan program studi baru sebagai
berikut : 1). Arsitektur, 2). Sistim Informasi, 3). Administrasi Negara,
4). Manajemen, 5). Ekonomi Pembangunan, 6). Pertanian, 7). Teknik
Pertanian, 8). Perikanan dan 9). Peternakan;
Selanjutnya keinginan masyarakat
Kabupaten Merauke khususnya dan masyakat Papua Selatan pada umumnya
untuk memiliki sebuah universitas negeri menguat, pada saat kunjungan
Bapak Presiden Republik Indonesia dan Menteri Pendidikan Nasional di
Merauke pada tanggal 4 – 5 April 2006, dimana Bapak Presiden
menyampaikan bahwa “Paling lambat dua tahun akan hadir sebuah perguruan
tinggi negeri di Merauke”;
Pada tahun 2006 pembentukan tim kecil
untuk penyusunan proposal perubahan status menjadi Universitas Negeri,
dan tepatnya pada tanggal 12 Desember 2007 proposal tersebut diserahkan
ke Departemen Pendidikan Nasional. Selanjutnya setelah mendapat
persetujuan Bapak Mendiknas untuk persiapan penegerian, maka Dirjen
Pendidikan Tinggi membentuk Tim Penegerian yang selanjutnya melakukan
kajian Naskah Akademik;
Pada tanggal 30 Januari – 1 Februari
2009, Tim Penegerian yang dipimpin oleh Ketua Kelembagaan Ditjen Dikti
melakukan kajian pembahasan awal Naskah Akademik di Universitas Musamus
Merauke;
Pada tanggal 20-21 Februari 2009, Tim
Penegerian Ditjen Dikti melakukan visitasi asset dan sumber daya manusia
di Universitas Musamus Merauke. Akhirnya pada hari Sabtu tanggal 23 Mei
2009 bertempat di Tanah Anim Ha Merauke Papua Selatan
diselenggarakannya Acara Serah Terima Aset Sarana dan Prasarana serta
Sumber Daya Manusia Dalam Rangka Penegerian Universitas Musamus Merauke
dari Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke dan Yayasan Pendidikan Anim Ha
kepada Departemen Pendidikan Nasional dalam hal ini yang dikuasakan
kepada Dirjen Pendidikan Tinggi;
Penyerahan aset, belum disertai dengan
peresmian penegerian Universitas Musamus, sehingga perlu penantian waktu
untuk peresmian penegerian selama 18 (delapan belas) bulan. Akhirnya
pada tanggal 19 November 2010, Presiden RI menandatangani Peraturan
Presiden Nomor: 65 Tahun 2010 tentang Pendirian Universitas Bangka
Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus.
Tanggal 22 Nopember 2010 bertempat di
Auditorium Universitas Cenderawasih Jayapura, Presiden Republik
Indonesia Bapak DR. H. Soesilo Bambang Yudhoyono meresmikan Universitas
Musamus (UNMUS) menjadi Perguruan Tinggi Pemerintah ditandai dengan
penandatangan Prasasti.
Tanggal 3 Juni 2011, Peletakan Prasasti
UNMUS, Pembukaan Selubung Papan Nama UNMUS, dan Peresmian Hotspot Area
FKIP oleh Bapak Menteri Pendidikan Nasional Prof. DR. Ir. KH. Muhammad
Nuh, DEA.
Pada Tanggal 23 Mei 2012 Kesembilan
Perguruan Tinggi Negeri (PTN) Baru menemui Deputi SDM dan Aparatur
MENPAN Republik Indonesia di Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara
dan Reformasi Birokrasi guna mempertanyakan status Pegawai ke Sembilan
PTN tersebut yang sampai saat ini masih belum menjadi Pegawai Negeri.
Penyampaian Keprihatinan Forum Pegawai 9 PTN Baru dalam bentuk surat
suara hati yang di bacakan oleh salah satu wakil Dosen dari 9 PTN
tersebut yaitu Norce Mote, S.Si dan diterima oleh asisten Deputi Sumber
Daya Manusia dan Aparatur Negara KEMENPAN Republik Indonesia. Ini Surat
suara hati itu adalah sebagai berikut :
Berangkat dari Keprihatinan tentang
status kepegawaian 9 Perguruan Tinggi Negeri Baru yang telah dinegerikan
status kelembaganya selama hampir dua tahun namun status kepegawaian
pada 9 PTN baru tersebut belum jelas untuk menjadi pegawai negeri sipil.
Maka Pada Tanggal 23 Mei 2012 Kesembilan Perguruan Tinggi Negeri (PTN)
Baru membentuk suatu forum untuk berkomunikasi antar pegawai 9 PTN Baru
dan menemui Deputi SDM dan Aparatur MENPANRB Republik Indonesia di
Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi guna
mempertanyakan perkembangan status Kepegawaian ke Sembilan PTN baru
tersebut yang sampai saat ini masih belum menjadi Pegawai Negeri.